Hallo Stephan,
ich arbeite mit Indesign CS6. Die Importoptionen habe ich ebenfalls aktiviert. Trotzdem ergibt sich das Problem. Seltsam ist, dass ich ja schon häufiger freigestellte Bilder importiert habe aber noch nie dieses Problem hatte....
Ich hab mir eben nochmals die Importoptionen angeaschaut. Auffällig ist, dass "weißer Hintergund" aktiv ist. Aber auch wenn ich das Häkchen raus nehme und die PNG-Datei dann platziert wird, erscheint der weiße Hintergund!
Siehe Importoptionen:
Vielleicht hast Du ja noch eine Idee? 
VG SI