Ich gehe davon aus, dass es sich hierbei um einen Fehler bei der Transparenzreduzierung handelt. Dein Drucker rechnet vorhandene Transparenzen zusammen – er "flattet" sie – und dabei treten eben oftmals diese oder ähnliche Fehler auf. Das JPG ist in Ordnung, weil du in diesem Fall die Transparenzen schon im Vorfeld (vor dem Druck) zusammenrechnest.

Was soll denn mit dem PDF geschehen, lässt du das drucken (Druckerei) oder druckst du das nur selbst aus?