Dass eine Druckerei ein x3 verlangt – und das kommt tatsächlich häufiger vor als man denkt – ist für mich nicht nachvollziehbar. Der (Haupt-)Unterschied zwischen einem x1 und einem x3 ist, dass das x3 auch RGB-Farben zulässt, während sich das x1 auf CMYK beschränkt.

Das heisst natürlich nicht, dass ein x3 nicht auch in Ordnung sein kann, allerdings besteht immer noch die "Gefahr", dass RGB-Farben im Dokument enthalten sind, die dann von der Druckerei ohne deine Kontrolle konvertiert werden.

Sollte also die Verarbeitung eines PDF/X-4 nicht möglich sein (damit wären deine Transparenzprobleme mit einem Schlag gelöst) würde ich immer auf ein x1 ausweichen. Hast du denn bei deiner Druckerei mal nachgefragt?

Nachtrag: Im Übrigen sind deine Exporteinstellungen unter Ausgabe höchstwahrscheinlich falsch, ich habe es jetzt erst gesehen. Das hat zwar mit deinem eigentlichen Problem nichts zu tun, kann dir aber andere Probleme bereiten. Lies dir doch zum gesamten Thema PDF-Export aus InDesign den entsprechenden Teil im Cleverprinting-Handbuch durch (ich hatte es oben verlinkt). Dort ist alles verständlich und ausführlich erklärt.