Vorweg; bin kein IR-Technikkenner
Deiner Beschreibung nach denke ich jedoch, daß deine Zaubertricks nicht funktionieren so lange es dir nicht gelingt aus Lightroom heraus ein Bild zu erstellen, welches die von dir vorgenommenen Korrekturen sauber übernimmt. Als Bildformat bietet sich meiner Einschätzung nach das .tif-Format an.