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mittels FluoreszensMikroskopie ein Panorama aus Einzelbildern erstellen

JakeDeschain

Noch nicht viel geschrieben

Hallo zusammen,

gleich zu Anfang die Bitte an die Moderatoren das Thema zu verschieben, sollte es hier im Board für Allgemeines nicht ganz richtig liegen.

Zur Beschreibung meines Problems:
Ich habe einen Gewebeschnitt, der mittels Antikörper fluoreszensmarkiert ist unter dem Mikroskop liegen. Auf dem Mikroskop sitzt eine Digitalkamera. Ihr Blickfeld ist wesentlich kleiner als das was man durch das Okular (also den "Augenausgängen") sehen kann. Selbst in der kleinsten Vergrösserung passt mein Gewebeschnitt nicht in das Sichtfeld der Kamera. Da ich aber auch gewisse Details erkennen und mit dem Gesamtbild vergleichen können will, bin ich gezwungen ein Panorama zu erstellen.
Ich habe 76 Einzelbilder (von Hand) gemacht, die sich an den Rändern überlagern (geschätzt: mindestens 10% überlapp, öfters auch mehr). Die Bilder haben eine Auflösung von 1300x1030 (150 DPI).
Zu Hause habe ich einen core i7 und Photoshop CS3 zur Verfügung.

Es war ziemlich umständlich, die Bilder zusammen zu fügen (Photomerge). Bei 76 Einzelbildern ist der Rechner direkt mal stecken geblieben.
Daher bin ich auf die Idee gekommen, die Bilder gruppenweise zusammen zu fügen: 1-15, 16-30, ... Das gab aber Probleme (vor allem am unregelmässig gewellten Rand). Daher bin ich dann dazu übergegangen die Gruppen überlappen zu lassen: 1-10, 5-15, 10-20, 15-25 ... Auch hier war dann das Problem, dass beim Zusammensetzen der gemergten Bilder der Rechner wieder stecken blieb, also habe ich eine weitere Ebene ein gezogen und aus der ersten Gruppe der gemergten Bilder ein Bild zusammensetzen lassen, aus der zweiten Gruppe ein zweites usw. Nun hatte ich drei (wieder etwas grössere) Bilder die ich endlich zum Gesamtbild zusammensetzen konnte. Das ist im Original (.psd file) ~450 MB gross und hat eine Auflösung von 8504x9735 (150 DPI). Eine verkleinerte Version (1200x1350) findet sich hier: http://www.abload.de/image.php?img=allinone1200x1350ip0a.jpg

Nun war das ne mühsame Reise, die recht viel Arbeit & Konzentration verlangt. Das fängt beim Bilder machen an, denn besser scheint zu sein, wenn ich permanent einen überlapp der Einzelbilder von 30-50% hätte. Das würde dann aber auch heissen, dass ich für die selbe Fläche noch mal ein paar mehr Bilder bräuchte und das Photomerge noch mehr ausartet.
Welche Möglichkeiten gibt es, mir das zu vereinfachen oder zu beschleunigen?

Ich habe in der Werbung (von sony?) eine Kamera gesehen, die Panoramen aus Filmen macht. (mit Film ist hier ein Schwenk von links nach rechts gemeint) Ich habe noch nicht geschaut, was an der Uni so alles an Mikroskopen und Kameras verfügbar ist, aber ein Video sollte drin sein. Daher: Gibt es freie Software, die aus Filmen Panoramen errechnet?

Habt ihr andere Ideen das Problem "Grosses Objekt in ein Panorama zu bringen" ?

Grüsse,
J.
 

hennetv

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AW: mittels FluoreszensMikroskopie ein Panorama aus Einzelbildern erstellen

Hallo,

ich nehme immer Hugin http://hugin.sourceforge.net/! Der/Die/DAS kommt auch mit großen Bildern klar! Nur aufpassen, dass ein sehr großes Bild dann nicht als jpg angelegt wird! Das kommt dann zum Absturz - bei mir immer ohne Meldung! Das sollte an der jpg Spezifikation ( max. 65536 x 65536 Pixel) liegen!

grüße
 

tina_t

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AW: mittels FluoreszensMikroskopie ein Panorama aus Einzelbildern erstellen

Schau mal wieviel RAM dein Rechner hat. Je größer die Panoramen werden, dsto mehr RAM wird gebraucht. 2 GB wäre schon angebracht.
Kannst du die Bilder nochmal machen? 10 % Overlap sind verdammt wenig. 30 % ist besser.
Dann sollte die Software, mit der du das zusamme stichest die Option bieten lineare Panoramen zu machen. Manche Programme können nur zylindrische oder sphärische Panoramen. Probire mal Microsoft ICT. Ist Freeware.

Viel Erfolg!

LG, Tina.
 

Picturehunter

Docendo discimus, sapere aude, incipe!

AW: mittels FluoreszensMikroskopie ein Panorama aus Einzelbildern erstellen

Ganz genau, lineares Panorama ist hier das richtige Stichwort. Da es sich hierbei um Bilder ohne nennenswerte Tiefeninformation handeln dürfte, sollte es schon mit rel wenig Aufwand machbar sein. Bei 3dimensionalen Objekten wird es schon deutlich schwieriger.

Hier ist ein link zu einem Tutorial, wo das Prozedere für ein lineares Aneinanderfügen der Einzelbilder erläutert wird. Es ist zwar für den "normalen" Anwendungsbereich geschrieben, sollte aber auch für die Mikroskopie genauso gut funktionieren, wenn nicht sogar viel besser:

Linear-Pano

Die Informationen stecken z.T. im Detail, die Lektüre lohnt sich also ... ;)


Gruß
Frank
 
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