Hallo Stefan!
Also ganz erklären kann ich mir dein Problem nicht - aber ich würde mal vermuten, grade weil es keine andere wirkliche Erklärung gibt, dass es sich um ein Cache Problem handelt.
Diese Probleme treten erst seit CS6 auf, wo After Effects den Hintergrundcache eingeführt hat. D.h. er speichert möglichst viel bereits gerendertes im Bild- und Disk-Cache, um Frames schneller wieder neu rendern zu können und greift dabei auf die bereits berechneten Sachen zurück. Außer es ändert sich halt was, dann wird es neu berechnet.
Da kommt aber auch genau das Problem ins Spiel, denn bei ein paar kleinen Aktionen, checkt After Effects nicht, dass er da jetzt was neu berechnen muss und greift einfach trotzdem auf den alten Cache zu. Und bei der Zeitverzerrung ist das bei mir auch schon öfter vorgekommen.
Um ihn zu zwingen, es nichtsdestotrotz neu zu berechnen kannst du diese beiden Caches mal leeren. Das funktioniert über Bearbeiten > Entleeren > Gesamter Speicher & Disk-Cache ....
ACHTUNG: Dabei werden auch alle STRG-Z-Schritte gelöscht, also besser speichern.
Vielleicht hilft das ja weiter..
Beste Grüße
Philipp