Keine Sorge, das CSS wird nicht ingnoriert, Deine Fehler werden vollkommen korrekt interpretiert

Zu 1: Unter welches Element verschiebt sich das Menü? Richtig, unter #content. Vergebe diesem #content mal einen z-index von 0 (style.css Zeile 38), dann könnte das Menü funktionieren. Allerdings kann das in älteren IE-Versionen gehässig werden.

Wild irgendwelche z-index-Werte zu vergeben hat noch nie geholfen, Du solltest schon wissen, was Du machst und was hinten rauskommt.

Zu 2: Kann ich so nicht nachvollziehen bzw. habe ich nicht richtig verstanden. Wo schiebt sich was über welchen Hintergrund?

Zu 3.1: Wenn Du mit zentral -> zentriert meinst, dann musst Du das auch definieren. Vergib an #content-erz h1 (style.css Zeile 498) text-align: center;

Zu 3.2: Gleiche Lösung wie oben #content-erz ul li h2 (style.css Zeile 546).

Zu 3.3: Zuerst vergebe an #content-erz ul li a (style.css Zeile 419) display: block;

Dann folgt #content-erz ul li p (style.css Zeile 554) clear:both;

Weshalb Du mit aller Gewalt ziemlich jeden Block als Liste definierst erschließt sich mir nicht. Dass unter Webdesignern die Krankheit Divitis grassiert, ist ja seit längerem bekannt. Ist Deine Liitis eine Mutation davon? Vielleicht hilft ja eine Schocktherapie:

html *, body * { display: list-item }