Am besten: garnicht. Wenn Du in 3D einen Film rendern willst, ist es sinnvoll, nur in verlustfreien Bildsequenzen ausgeben zu lassen und die dann AE & Co weiter zu verarbeiten. Wenn Dein Rechner z.B. über Nacht abschmiert, musst Du einen Film vollständig neu rendern lassen, eine Bildsequenz kannst Du hingegen da weiter rendern lassen, wo sie aufgehört hat.
Zudem sind Filme zu 99% komprimiert, damit sie nicht so groß werden, Die Komprimierung ist aber auch gleichzeitig verlustbehaftet, d.h. man hat schon Bildfeher eingebaut, bevor das ganze in der Videobearbeitung landet. Einzelbilder kannst Du als verlustfrei gespeicherte PNG, TIF, PSD, OpenEXR (können alle Alphakanäle) etc. speichern, was leichter zu handhaben ist als viele GB große Filme.
Wenn Du jetzt immer noch sagst, Du willst einen Alphakanal als Film, musst Du beim AVI-Container m.W. eh auf "unkomprimierte Einzelbilder" gehen. Da gibt es also keinen Vorteil, im Gegenteil, die Datei wird größer als die Summe aller Einzelbilder.
Oder Du lässt den Alphakanal als separaten Film rausrendern. Aber, wie gesagt, sinnvoll ist das nicht.