Interessante Frage... eine Patentlösung dafür kenne ich nicht.
Es gibt PlugIns, mit denen man für einzelne Seiten verschiedene Themes wählen kann, Google hilft da. Wenn ich dich richtig verstehe, soll aber die komplette Site im jeweiligen Theme dargestellt werden.
Das wird schon deshalb schwierig, weil komplexere Themes ihre eigenen angepassten PlugIns mitliefern, bei 50 Themes sind das dann wahrscheinlich 200 PlugIns, die sich gegenseitig stören.
Ich könnte mir denken, dass man WPML dafür missbrauchen kann: 50 verschiedene Sprachen anlegen, jedes davon mit einem anderen Theme (keine Ahnung ob das geht, würde mich aber interessieren) und die dann auf subdomains legen, also zB theme1.meineseite.de und so weiter.
Ansonsten: separate Wordpress-Installationen, das wär aber ganz schön aufgeblasen, bei Änderungen der Horror und verbraucht viel zu viel Webspace.
Ich würde echt gerne andere Meinungen hören, auch dazu ob das mit WPML eine Möglichkeit wäre...