Wie noltehans es schon geschrieben hat, kann das mit der Größen Änderung des 2. Würfels zusammen hängen.
Versuche den Sachverhalt mal genauer zu erklären.
Es gibt zwei Wege um ein Objekt zu Skalieren, einmal im Objekt-Mode und einmal im Edit-Mode.
Ein Modifiers wirkt immer auf das Objekt selber und dessen Volumen, also Breite, Höhe und Tiefe, skaliert man nun das Objekt im Objekt-Modus, so werden auch die Werte des Modifiers, Programm-Intern entsprechend mit skaliert, also ist das Objekt z.B. nur noch halb so Breit wie Hoch, dann wirkt sich der Modifier auch nur noch um die Hälfte in der Objekt-Breite aus.
Der Bevel-Modifier hat einen Standard-Wert von 0,1 ist das Objekt aber nur noch halb so Breit, dann hat der Modifier auch an der stelle eine Auswirkung von 0,05.
Das Problem kann man nun mit Hilfe der Tasten-Kombination STRG & A beheben in dem man dann dort im Pop-Up Menü den Befehl (Apply) Scale anwendet, der macht eigentlich nur eins, der Überführt die Objekt-Skalierung in die Geometrie-Skalierung, und setzt halt die Objekt-Skalierungs-Werte wieder auf 0 zurück.
Der andere Weg den man auch gehen kann, man skaliert das Objekt direkt im Edit-Mode, dann bleibt die Skalierung des Objekts selber erhalten und nur die Geometrie wird skaliert, also der Abstand der Vertex (Punkte) zueinander wird skaliert.
So hoffe das es einigermaßen Verständlich war.