Das kannst du garnicht beeinflussen, weil es ein "Feature" ist, das verhindert, dass du aus versehen ein bearbeitetes Bild mit einer oder mehreren bearbeiteten Ebenen direkt als jpg speicherst und somit riskierst, dass du das original jpg versehentlich überschreibst oder z.B. dir deine Bearbeitungsebenen flöten gehen. Das mag bei einfachen Bearbeitungen kein Problem sein - wenn man aber mal mehrere Stunden an einer Bearbeitung gesessen hat, dann weiss man das zu schätzen.
Ist mir selbst schon passiert, dass ich zu schnellen Testzwecken einfach ein x-beliebiges Bild geladen habe, wasauchimmer getestet habe und dann PS schnell beendet habe und dabei das Bild überschrieben habe. Und schon war das Bild unbrauchbar.
Wenn es früher funktioniert hat (was es definitv hat), dann hast du kann es eigentlich nur daran liegen, dass du damals mit einer älteren Version von CS6 gearbeitet hast.
Ich persönlich arbeite meist mit Shortcuts - in solchen Fällen könnte man ein Script nutzen, das Bild im originalen Dateiformat speichert. Diesem Script weisst man dann natürlich einen Shortcut zu.
Theoretisch könnte man auch ein Script nutzen, das im Hintergrund läuft und bei Verwendung des Crop-Tools, die Ebene wieder auf eine Hintergrundebene reduziert. Dann wäre beim Speicherverhalten alles wie du es gewohnt bist. Allerdings ist es nicht immer von Vorteil, dass jedes Dokument bei Verwendung des Crop-Tools immer auf die Hintergrundebene reduziert wird - ergo müsste man im Script eben noch die Ebenen-Anzahl berücksichtigen (bei 1 Ebene auf HG reduzieren - bei mehr als 1 Ebene keine Reduzierung)...
Da manche Bearbeitungsfunktionen aber automatisch eine zusätzliche Ebene anlegen, würde man im Grunde nur Pest gegen Kholera eintauschen...